Życie osobiste Ożenił się 27 września 1865 roku z Anną Magdaleną Smit (ur. 1847). Mieli trzy córki (Anne Madeleine, Jacqueline Elisabeth, Johanna Diderica) i jednego syna. Żona zmarła 28 grudnia 1881 roku na gruźlicę. Od tego czasu ojcem opiekowała się córka, Anna Madeleine. Jacqueline Elisabeth była nauczycielką historii i znaną poetką, a Johanna Diderica – nauczycielką języka angielskiego. Johannes Diderik van der Waals Junior (1873–1971) został profesorem fizyki i następcą ojca. J.D. van der Waals Senior cierpiał na depresję. Zmarł w Amsterdamie w roku 1923, rok po śmierci Jacqueline Elisabeth (spowodowanej przez nowotwór). Został pochowany na Nieuwe Oosterbegraafplaats.
Zobacz też równanie stanu (termodynamika) równanie Clapeyrona (stan gazu doskonałego)
Uwagi
Przypisy , Biographical, Nobel Lecture, December 12, 1910, The Equation of State for Gases and Liquids
; (Molecular theory of a substance composed of two different species), Zeitschrift für Physikalische Chemie vol. 5 (1890) pp. 133–173 (The thermodynamic theory of capillarity under the hypothesis of a continuous variation of density), Zeitschrift für Physikalische Chemie vol. 13 (1894) pp.