W okresie międzywojennym Polski Kościół Starokatolicki działał w ramach nieformalnej unii z parafią katowicką księdza Józefa Kostorza ze Starokatolickiego Kościoła w Niemczech.
II wojna światowa (1939–1945) Okres II wojny światowej był bolesny dla działalności polskiej misji PNKK. Latem 1940 hitlerowcy opublikowali wspólne postanowienie, aby uznać za legalne tylko te wyznania, które za czasów Polski międzywojennej posiadały aprobatę państwa. Władze II RP nigdy nie uznawały PNKK jako związku wyznaniowego prawnie funkcjonującego na mapie wyznaniowej Polski, a nawet skutecznie, także poprzez rzymskokatolicki kler, próbowały zniszczyć go w zarodku. Zatem 1 maja 1941 rozwiązano PNKK, a jego majątek przeszedł na konto rządu Generalnego Gubernatorstwa (GG). Biskup polskiej diecezji Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego Józef Padewski, który formalnie był obywatelem amerykańskim, wraz z ks. Lachmayrem udał się do oddziału wyznaniowego przy rządzie GG. Obaj kapłani przedstawili program Kościoła, jego założenia i martyrologię w okresie rządów sanacyjnych w Polsce. Ostatecznie Generalne Gubernatorstwo wyraziło zgodę na działalność tegoż Kościoła, ale pod warunkiem zmiany nazwy na „Polski Kościół Starokatolicki”.