Pogląd o sympatiach niemieckich urzędników do programu Kościoła narodowego jest jednak błędny i przesadzony; agresorom chodziło o zapewnienie „niemieckiego” porządku w aktach i dokumentach – lepszą i wygodniejszą, jawną kontrolę urodzeń, chrztów i zgonów. Skądinąd mogło chodzić o to, by wyznawanie to niejako podporządkować Narodowemu Kościołowi Rzeszy Niemieckiej. Biskup Józef Padewski doszedł do przekonania, że wobec groźby likwidacji Kościoła, należy ustępować w rzeczach mniej istotnych, jak np. nazwa wspólnoty, a zachowywać to, co konieczne. Niebawem w Dzienniku Rozporządzeń GG ukazała się wzmianka o prawnym uznaniu „Kościoła Starokatolickiego Unii Utrechckiej w Generalnym Gubernatorstwie” z siedzibą przy ul. Czarnej 2 w Krakowie. W analogiczny sposób swą legalizację otrzymał Kościół Metodystyczny w Polsce. Sytuacja jednak pogarszała się. Np. ks. Brzozowski z parafii w Henrykowie został wywieziony do Dachau, ks. Tomasz Zadębski ze Świeciechowa został zamordowany przez partyzantów radykalnie endeckich, ks. Skibiński z Grabówki został ścięty toporem przez działaczy tajnej młodzieżówki lewicowej, ks.