Stanikowski z Rozkopaczewa został zamordowany przez gestapowców za udzielanie pomocy lekarskiej partyzantom, wielu innych księży zaginęło bez śladu.

PRL (1945–1989) Z rozbicia Kościół w Polsce podniósł się w marcu 1945, na zjeździe w Warszawie, pod przewodnictwem księdza Stanisława Piekarza. Po II wojnie światowej władze Polski Ludowej niechętnie odnosiły się do instytucji Kościoła narodowego, albowiem na jego czele stał obywatel „imperialistycznego” (w terminologii komunistycznej) kraju – bp Franciszek Hodur. W 1951 PNKK w Polsce pod naciskiem Urzędu Bezpieczeństwa uniezależnił się od zagranicznych struktur Kościoła Narodowego i zmienił nazwę na Kościół Polskokatolicki. Władze PRL całkowicie podporządkowały sobie Kościół Polskokatolicki: mianowały biskupów, wyrzucały ich ze stanowisk, kierowały polityką kadrową, obsadzały duchownych, finansowały całą działalność organizacyjną.

W 1958 na X Powszechnym Synodzie PNKK wprowadzono równorzędność języka angielskiego i języka polskiego w liturgii. W 1963 dla parafii Kościoła mniejszości etnicznej czeskiej i słowackiej wybrano na biskupa ks. Eugeniusza Magyara.