Powierzchnia Obwód nowogrodzki zajmuje teren ok. 54 tys. km². Większość powierzchni regionu stanowi płaska, miejscami zabagniona równina, której znaczna część wchodzi w skład Niziny Nadilmeńskiej. Na południowym wschodzie obwodu znajdują się morenowo-pagórkowate obszary wyżyny Wałdaj, której najwyższy punkt na terenie obwodu wznosi się na wysokość 299 m n.p.m. Na północnym wschodzie znajduje się drugi w obwodzie obszar wyżynny – Grzęda Tichwińska.
Hydrologia Przez teren obwodu płyną liczne większe i mniejsze cieki wodne. Głównymi rzekami regionu są: Wołchow, Msta, Łować, Szełoń, Polist.
Znajdują się tutaj także liczne jeziora, spośród których największym jest Ilmen. Jego powierzchnia waha się (w zależności od stanu wód) od niespełna 700 do ponad 2 tys. km², co stanowi od ok. 1,5 do 4% powierzchni całego obwodu nowogrodzkiego. Innymi jeziorami regionu są m.in.: Wałdajskie, Wielie i Seliger.
Duże ilości wody znajdują się w licznych w obwodzie bagnach.