Klimat Obwód nowogrodzki leży w strefie klimatu umiarkowanego ciepłego, pośredniego między przejściowym a kontynentalnym. Charakteryzuje się on dość długim i ciepłym latem (ze średnią temperaturą powietrza w lipcu oscylującą ok. +17 do +18 °C oraz dość chłodną zimą z temperaturami ok. –8 do –9 °C w styczniu (nieco chłodniej, o około stopień jest na północnym wschodzie regionu).
W regionie występuje dość wysoki poziom opadów. Mają on głównie postać deszczu i występują zwłaszcza w ciepłej połowie roku, a największe ich nasilenie ma miejsce w sierpniu. Zima jest dość sucha.
Szata roślinna i gleby Pod względem dominującej formacji roślinnej, region nowogrodzki leży na obszarze, gdzie kończy się strefa lasów mieszanych i zaczyna strefa południowej tajgi. Najczęściej spotykanym gatunkiem drzewa jest świerk. Występują tutaj też brzozy, osiki, jodły, sosny, olchy i itd. Na obszarach bagiennych występuje typowa dla tego rodzaju terenu roślinność.
W obwodzie dominują gleby bielicowe; na północnym zachodzie duże obszary pokrywają gleby bagienne.