Około 1629 roku założono pierwszą osadę w okolicach dzisiejszego Barranquilla.
Okres wojny o niepodległość mały|Dawny budynek administracji celnej w Barranquilla |lewoW 1812 roku mieszkańcy Barranquilla dołączyli się do ruchu niepodległościowego. W tym samym roku wioska została zaatakowana przez francuskiego generała Pierre Labatuta. 7 kwietnia 1813 roku prezydent Cartageny de Indias Manuel Rodríguez Torices przyznał Barranquilli tytuł miasta w nagrodę za pomoc w obronie Cartageny przed wojskami Santa Marty. 25 kwietnia 1815 roku Barranquilla zostało zaatakowane i zajęte przez wojska hiszpańskie pod dowództwem pułkownika Valentína Capmaniego. W 1821 roku wygnano Hiszpan z Barranquilla, a 10 października padła ich ostatnia twierdza, Cartagena de Indias. W tym samym roku wybrano pierwszego burmistrza Barranquilli, Agustína Del Valla.
Okres republiki XIX wiek mały|Pomnik postawiony ku czci Juana Bernarda Elbersa|lewo Miasto nabrało znaczenia w pierwszej połowie XIX wieku. Dzięki wynalezieniu parowców, 10 listopada otwarto trasę handlową, na rzece Magdalena, która zapoczątkowała wymianę towarów z miastami w środku Kolumbii. Barranquilla stała się głównym portem eksportu kawy.