Wraz z ustanowieniem nowego narodu, Republiki Nowej Granady w 1831 roku, w Barranquilla rozpoczęły się dwie rewolucje skierowane przeciwko dyktaturze Rafaela Urdanety. Pierwszą z nich kierowali Policarpo Martínez, Antonio Pantoja, Lorenzo Hernández, Crispín Luque, Esteban Márquez i Santosa de la Hoz, została stłumiona przez generała Ignacia Luqua. Drugą kierował generał Ignacio Luque, który stłumił pierwszą rewolucję. Na początku czerwca 1849 roku w Barranquilla wybuchła epidemia cholery, którą przywieźli ze sobą marynarze na statku z Panamy. 6 stycznia 1885 roku miasto zajęły siły rewolucyjne pod dowództwem generała Ricardo Gaitána Obeso. 11 lutego szef rządu generał Vicente Carlos Urueta zaatakował wojska Obesa. Po początkowych sukcesach Urueta, Obeso ściągnął dodatkowe wojska i zwyciężył. W 1886 roku Barranquilla stała się jednym z 34 nowych departamentów, tworzących prowincję Barranquilla i Sabanalarga.