Stolicą księstwa był Królewiec. Po sekularyzacji w 1525 roku książę Albrecht zlikwidował podział na komturie i dominia biskupie. Podzielił Prusy Książęce na trzy duże okręgi administracyjne: sambijski (Samland), natangijski (Natangen) i górnopruski (Oberland). Okręgi (niem. Kreis) odpowiadały wielkością raczej przyszłym rejencjom niż powiatomMax Toeppen, Historisch-comparative Geographie von Preussen, Justus Perthes, Gotha 1858, strona 260n.
Okręgi dzieliły się na starostwa zwykłe (niem. Hauptamt, l. mn. Hauptämter) i starostwa dziedziczne (niem. Erbamt, l. mn. Erbämter). Starostwa dzieliły się zaś na parafie (niem. Kirchspiel).
Okręg górnopruski (oberlandzki) obejmował starostwa zwykłe: Miłakowo, Miłomłyn, Morąg, Pruski Holąd (Pasłęk), Pruski Targ (Przezmark), Prabuty, Szczytno, Ostróda, Olsztynek, Działdowo, Nidzica i Kwidzyn oraz starostwa dziedziczne: Susz, Iława i Dąbrówno. Stolicą okręgu było Zalewo.
Okręg natangijski (dolnopruski) obejmował starostwa zwykłe: Pokarmin, Bałga, Iława Pruska, Olecko, Rastembork (Kętrzyn), Barciany, Węgorzewo, Ełk, Jańsbork (Pisz), Ryn, Lec (Giżycko) i Szestno oraz starostwa dziedziczne: Nowy Dwór i Gierdawy.