14 lutego 1963 godz. 5 na północ od stacji, pomiędzy wiaduktem Błędnik i przystankiem Stocznia, zderzyły się dwa pociągi towarowe zmierzające w kierunku południowym z Gdyni (z ładunkiem cementu) i z Nowego Portu (z rudą żelaza). Winnym starcia był maszynista pociągu z Nowego Portu, który nie zauważył semafora z sygnałem „stój”.
14 grudnia 1970, w czasie wydarzeń grudniowych, budynek został spalony. W styczniu 1971 przeprowadzono remont budynku, który wykonała brygada z Gdańskiego Przedsiębiorstwa Robót Elewacyjnych. Informację o tym fakcie odnotowano na blankiecie telegramu, zamurowanym w 1971 i odkrytym w czasie remontu dworca 40 lat później.
Współczesność Na początku lat 90., podczas generalnego remontu, hala dworca została zabudowana dwupoziomową antresolą handlową, która jednak nie cieszyła się popularnością podróżnych i w 2013 została wyburzona.
9 lipca 2001 miała miejsce powódź w Gdańsku, na której skutek stacja Gdańsk Główny została zalana.