9 sierpnia 2013 rozpoczęła się przebudowa peronu 3 na wyspowy, z przeznaczeniem dla pociągów SKM do przystanku Gdańsk ŚródmieścieMichał Brancewicz Jak SKM Śródmieście zmieni dworzec Gdańsk Główny [dostęp 2013-09-01]., w wyniku której nadano mu historyczny wygląd ze stylizowanymi lampami oświetleniowymi. Przebudowa ta wymusiła konieczność rozbiórki znajdującego się pod peronami 3 i 4 schronu przeciwlotniczego z II wojny światowej o pow. 413 m² i mieszczącego 428 osób.
Przebudowa budynku dworcowego W 2014 rozpoczęto przygotowania do kolejnej przebudowy budynku dworca przez PKP S.A., która miała być skoordynowana z projektem rewitalizacji stacji przez PKP Polskie Linie Kolejowe. Rozpoczęcie prac budowlanych miało nastąpić w III kwartale 2017. W toku prac usunięte zostały zmiany dokonane w l. 90. w północnej części obiektu, wymieniona stolarka okienna i drzwiowa (na zbliżone do pierwotnych), system informacji pasażerskiej, monitoring, odtworzone zostały strome, dwuspadowe dachy nad dawnymi poczekalniami (obecnym barem McDonald’s), odnowiona elewacja i wykonane przedłużenie tunelu znajdującego się w osi dworca na wschodnią stronę ul. Podwale Grodzkie (powierzchnia przedłużonej części – ok. 1300 m kw.), a ponadto pojawiły się ruchome schody.