W związku z incydentem z 10 lutego 2009 w samolocie pasażerskim Lufthansy prokurator z prokuratury w Landshut w prowadzonym postępowaniu karnym przedstawił Janowi Rokicie zarzut popełnienia czynów zabronionych w postaci zakłócenia spokoju i stawiania oporu funkcjonariuszom policji. W sierpniu tego samego roku orzeczono wobec niego karę grzywny w wysokości 3 tysięcy euro. Jan Rokita nie wpłacił tej kwoty, wobec czego prokurator w Niemczech uzyskał nakaz jego aresztowania w celu wykonania kary zastępczej.
W sierpniu 2009 zakończył współpracę z „Dziennikiem”, a w 2010 rozpoczął prowadzenie zajęć na Wydziale Studiów Międzynarodowych i Politycznych Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 2012–2024 był felietonistą „Dziennika Polskiego”. W marcu 2013 ukazała się Anatomia przypadku, wywiad rzeka z Janem Rokitą przeprowadzony przez Roberta Krasowskiego. Został też publicystą tygodników „W Sieci” (2013) oraz „Wszystko Co Najważniejsze” (2024), a także komentatorem politycznym w Kanale Zero (2025).