Doktor honoris causa uniwersytetów w Wilnie (1929) i Strasburgu (1919).
Był autorem wielu prac naukowych i popularnonaukowych oraz szeregu rozpraw specjalnych, zwłaszcza z zakresu badań nad sporowcami. mały|lewo|Grób prof. Michała Siedleckiego na cmentarzu Rakowickim Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej w Polsce, aresztowany 6 listopada 1939 w akcji Sonderaktion Krakau. Zmarł 11 stycznia 1940 w niemieckim obozie koncentracyjnym Sachsenhausen na nieleczone zapalenie płucJan Gwiazdomorski: Wspomnienia z Sachsenhausen. Dzieje uwięzienia profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego, 6 XI 1939 – 9 II 1940. Kraków: Wyd. Literackie, 1975, s.215. Urna z prochami profesora przyjechała do Krakowa, złożono ją na cmentarzu Rakowickim (pas 12, rząd wsch.). Imieniem profesora nazwano polskie statki naukowo-badawcze (zob. poniżej).
Życie prywatne Jego pierwszą żoną była Irena z domu Wolska, która zmarła 24 grudnia 1905 w połogu razem z urodzoną córką. W 1910 ożenił się z Anną z domu Stachiewicz, córką krakowskiego malarza Piotra Stachiewicza. Z tego małżeństwa mieli troje dzieci: Andrzeja (ur. 20 listopada 1910), Stanisława (ur. 17 września 1912), geologa i taternika oraz Ewę (ur.