Z drugiej strony uwydatniała jej czysto wojskowy charakter.

Odezwa płk Rzepeckiego do oddziałów partyzanckich pozostających w lesie, wzywająca do pracy nad odbudową Kraju, a jednocześnie przeciwna ujawnianiu się i ostrzegająca przed prowokacjami, pozostała bez echa w związku z akcjami pacyfikacyjnymi na Białostocczyźnie i Lubelszczyźnie, prowadzonymi przez Korpus Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Ludowe Wojsko Polskie i NKWD. W tym czasie nastąpił wzrost aktywności partyzantki poakowskiej. Skutecznie były atakowane więzienia w wielu miastach w kraju.

W czasie fali aresztowań mających miejsce od czerwca 1945 aresztowano m.in. szefa sztabu DSZ płk. Wojciecha Borzobohatego.

Po powstaniu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej i rozwiązaniu Rady Jedności Narodowej działalność DSZ ograniczyła się do zapewnienia bezpieczeństwa prześladowanym partyzantom AK. Cofnięcie uznania dla Rządu RP na uchodźstwie przez mocarstwa zachodnie przekreśliło sens istnienia DSZ podległej temu rządowi. Delegatura istniała do 6 sierpnia 1945, kiedy została rozwiązana rozkazem płk. Rzepeckiego. W wyniku amnestii, która weszła w życie 21 sierpnia 1945, z podziemia wyszło i ujawniło się około 30 000 osób. Natomiast nie powiodła się propozycja ujawnienia całej DSZ, złożona płk. Rzepeckiemu przez gen.