Inter Mediolan Następnym klubem w karierze Seedorfa był klub włoskiej ligi Serie A – Inter Mediolan, z którym w sezonie 1999/2000 dotarł do finału Pucharu Włoch (porażka w dwumeczu 2:1 z Lazio Rzym). Jednak przez okres gry w klubie nie zdobył uznania w oczach władz klubu. Jednak został zapamiętany przez wielu fanów Nerazzurrich głównie dzięki dwóm znakomitym golom, które strzelił dnia 9 marca 2002 roku w zremisowanym 2:2 meczu ligowym z Juventusem Turyn. Z klubu ostatecznie odszedł po sezonie 2001/2002 po rozegraniu 93 meczów i strzeleniu 14 goli. Wbrew często spotykanej opinii za odejściem Seedorfa z Interu nie przemawiały jednak, jak w przypadku Andrei Pirlo, względy sportowe. Impulsem zapalnym był konflikt z Ronaldo, który dodatkowo podsycał plotki o romansie Seedorfa z żoną kolegi z zespołuZ Giuseppe Meazza na San Siro [data dostępu: 2014-05-04].
Milan mały|Clarence Seedorf w barwach Milanu, 2011 Następnie Seedorf przeniósł się do miejscowych rywali Interu Mediolan – Milanu, na zasadzie wymiany z Francesco Coco.