W sezonie 2002/2003 wywalczył pierwszy od 26 lat dla klubu Puchar Włoch i trzeci raz w swojej karierze Ligę Mistrzów, stając się jednocześnie pierwszym zawodnikiem, który zdobył to trofeum grając w trzech różnych klubach, a także Superpuchar Europy 2003.
W sezonie 2003/2004 Seedorf odegrał ważną rolę w zdobyciu przez klub mistrzostwa Włoch i Superpucharu Włoch 2004 oraz w sezonie 2004/2005 w dotarciu do finału Ligi Mistrzów, w którym po zaciętej rywalizacji z angielskim FC Liverpoolem jego klub przegrał po wspaniałych interwencjach polskiego bramkarza drużyny rywali - Jerzego Dudka w serii rzutów karnych, natomiast w Serie A również Rossoneri przegrało mistrzostwo kraju, tym razem z Juventusem Turyn.
W 2006 roku wybuchła afera Calciopoli, która wstrząsnęła całym światem włoskiej piłki nożnej i w którą był również zamieszany Milan, przez co opinia o zespole została mocno nadszarpnięta. Ostatecznie klub dostał pozwolenie na kontynuowanie rozgrywek w Europie, dzięki czemu najlepsi piłkarze pozostali w klubie.