Wielu twierdziło jednak, że kariera Seedorfa w reprezentacji Holandii mogłaby być jeszcze bardziej efektowna, gdyby pohamował swój buntowniczy i porywczy charakter, dający często o sobie znać. Dodatkowo, ma on również długą historię złych występów w chwilach krytycznych dla Pomarańczowych. Był to jeden z powodów dla których Marco van Basten, mianowany selekcjonerem reprezentacji Holandii tuż po mistrzostwach Europy 2004, nie zdecydował się powoływać Seedorfa, w związku z czym nie zagrał w eliminacjach do mistrzostw świata 2006 oraz w samym turnieju w Niemczech.
Ponownie w reprezentacji Holandii zagrał dnia 15 listopada 2006 roku na Amsterdam Arena w Amsterdamie w zremisowanym 1:1 meczu towarzyskim z reprezentacją Anglii, na który został powołany w zastępstwie kontuzjowanego Wesleya Sneijdera. Zagrał w 6 meczach eliminacyjnych do mistrzostw Europy 2008. Było wiele wątpliwości co do jego pozycji w drużynie, szczególnie gdy selekcjoner Marco van Basten faworyzował takich graczy jak Rafael van der Vaart, Wesley Sneijder czy Robin van Persie. Ostatni mecz w reprezentacji Holandii rozegrał dnia 28 marca 2008 roku na Ernst-Happel-Stadion w Wiedniu w wygranym 3:4 meczu towarzyskim z reprezentacją Austrii, w których Seedorf wszedł w 46. minucie za Demy de ZeeuwaFootball MATCH: 26.03.2008 Austria v Netherlands .