Kariera reprezentacyjna Clarence Seedorf w latach 1994–2008 w reprezentacji Holandii rozegrał 87 meczów, w których strzelił 11 goli. Debiut zaliczył dnia 14 grudnia 1994 roku na Stadionie Feijenoord w Rotterdamie w wygranym 5:0 meczu eliminacyjnym do mistrzostw Europy 1996 z reprezentacją Luksemburga, w którym zastąpił w 70. minucie Youriego Muldera, a w 90. minucie ustalając wynik spotkania strzelił także swoją pierwszą bramkę w reprezentacji HolandiiNederland - Luxemburg 5 - 0 (14/12/1994) . Mecz ten był ostatnim w pierwszej kadencji selekcjonera Dicka Advocaata, który przeniósł się do PSV Eindhoven.
W 1996 roku został powołany przez Guusa Hiddinka na mistrzostwa Europy 1996 w Anglii, na którym Pomarańczowi zakończyli turniej w ćwierćfinale po porażce serii rzutów karnych z reprezentacją Francji po zmarnowanym rzucie przez Seedorfa, a dwa lata później w 1998 roku na mistrzostwa świata 1998 we Francji, na których Pomarańczowi zajęli 4. miejsce. Brał także udział na mistrzostwach Europy 2000 i 2004, w których Pomarańczowi dotarli do półfinału.