Podobne godła miały pieczęcie z XVIII wieku.
Według opisu z zachowanego dokumentu herbowego z XVII wieku, herb Prudnika w postaci pełnej wyobrażał: „czerwony mur z otwartą bramą i dwiema bocznymi wieżami o szpiczastych dachach, między którymi czarny, ukoronowany orzeł w srebrnym polu”. Według tego opisu herb odwzorował Otto Hupp w XIX wieku. mały|upright|lewo|Herb z 1607 24 kwietnia 1607 cesarz Rudolf II za okazaną mu wierność wzbogacił herb Prudnika, pozwalając dodać ponad dotychczasowym herbem srebrny szyszak z koroną królewską i powtórzyć motyw murów, pośrodku którego umieszczono lwa czeskiego.
W dwudziestoleciu międzywojennym herb miejski umieszczany był na notgeldach (pieniądz zastępczy) emitowanych przez samorząd Prudnika. Miasto posiadało także swoją flagę – biało-czerwoną z herbem miasta pomijającym elementy nadane w 1607. mały|upright|Herb w latach 1945–1990 Po II wojnie światowej używany był herb, który pomijał elementy nadane przez cesarza Rudolfa II. Ponadto kolor pola został zmieniony ze srebrnego na niebieski, a czarnego orła zmieniono na złotego.
Rada Miejska w Prudniku przyjęła obowiązujący herb i pieczęć miasta w 1990. Projekt herbu opracował heraldycznie radny Ryszard Kwiatkowski, a jego rysunek wykonał Marek Paprocki.