Wybraniec udaje się do Wyroczni, wiedząc, że ta jest tylko kolejnym programem stworzonym do kontrolowania ludzi. Wyrocznia mówi mu, że tej nocy Neo będzie musiał zmierzyć się z Agentem Smithem, który niedługo będzie tak potężny, że będzie mógł zniszczyć obydwa światy. Wyrocznia tłumaczy Wybrańcowi, że Smith został stworzony przez system, aby go zrównoważyć. Neo wierzy, że jest w stanie zakończyć wojnę, ale w tym celu musi się udać do miasta maszyn. W wyprawie towarzyszy mu Trinity.

Morfeusz, Niobe, Link i załoga „Młota” postanawiają wrócić do Syjonu i pomóc obrońcom. Jednak droga do ostatniego bastionu ludzi jest bardzo niebezpieczna, ponieważ maszyny opanowały wszystkie główne drogi. W tym czasie strażnicy przebijają się do Hangaru Syjonu, rozpoczyna się ostateczne starcie pomiędzy ludźmi a maszynami. Neo i Trinity są w drodze do miasta maszyn, lecz nie wiedzą, że na ich statku znajduje się Agent Smith kontrolujący ciało Bane’a. Dochodzi do starcia między Neo a Banem. Neo zostaje oślepiony, ale zabija Bane’a. W Syjonie trwa walka z maszynami, ludzie ponoszą straty, według komandora Locka upadek Syjonu jest tylko kwestią czasu.