Wybraniec i Trinity docierają do miasta maszyn, ich statek zostaje uszkodzony przez maszyny i rozbijają się. Neo udaje się przeżyć, ale Trinity ginie. Wybraniec napotyka maszynę Deus Ex Machina. Obiecuje maszynie, że zniszczy Smitha, w zamian za zakończenie wojny maszyn z ludźmi. Deus Ex Machina godzi się, a jednocześnie strażnicy atakujący Syjon zaprzestają działań wojennych. Obrońcy Syjonu są tym zdziwieni. Morfeusz domyśla się, że Neo rozpoczął walkę o przetrwanie ludzkości.
Neo zostaje podłączony do Matriksa, aby skonfrontować się ze Smithem. W pojedynku nie uczestniczą kopie Smitha, jedynie biernie go obserwujące. Spektakularna walka zbliża się ku końcowi, kiedy to Smith uderza ciałem Neo o ulicę, tworząc krater. Wewnątrz niego Agent, stojąc obok leżącego Wybrańca, wymienia wszelkie motywacje Neo do walki, nie rozumiejąc postępowania przeciwnika. Na pytanie: „Dlaczego?” Neo odpowiada: „Bo tak wybieram”. W tym momencie Wybraniec odrzuca Smitha, a ten wbija się w ścianę krateru, następnie atakuje Neo, który ostatecznie pada na ziemię. W tym momencie Smith zaczyna rozumieć, że to właśnie chwila spełnienia. Stwierdza: „Wszystko, co ma początek, ma swój koniec, Neo.” Kiedy to wymawia, Wybraniec z trudem i determinacją powstaje, a Smith zaczyna pojmować to, co się dzieje.