W kampanii prezydenckiej 1946 roku PCCh szukała kandydata, który będzie promować anty-oligarchiczną transformację. Komuniści decydują się wspierać Gonzalez Videla kandydata Partii Radykalnej. Po wyborczym zwycięstwie komuniści po raz pierwszy wchodzą do rządu, PCCh uzyskało trzech ministrów. Widząc, że PCCh zyskuje dużą popularność i kontroluje wiele związków zawodowych, USA naciska na Gonzalez Videla w celu wyłączenia komunistów z rządu. Następnie powołano ustawę zakazującą działalności partii komunistycznej, wielu działaczy partii trafiło do więzień i obozów koncentracyjnych.
Po II wojnie światowej Partia po represjach skierowanych w ruch robotniczy i demokratyczny, skupia się na walce z dyktaturą. Partia popierała Salvadora Allende w wyborach prezydenckich w 1952. Komuniści wspólnie z Partią Socjalistyczną utworzyli „Front Wyzwolenia Narodowego”. W 1958 dochodzi do demokratyzacji kraju, przywrócenia prawa działalności PCCh. W wyborach w tym roku, FRAP wystawia kandydaturę Salvadora Allende na urząd prezydenta, wybory wygrał jednak Jorge Alessandri, kandydat prawicy.