W latach 1988–1992 reprezentacja trzykrotnie stawała na podium w Pucharze Narodów Afryki (była dwa razy druga i raz trzecia), a w 1994 zdobyła mistrzostwo kontynentu.
Dwa lata później Nigeryjczycy prowadzeni przez Holendra Jo Bonfrère w Atlancie wywalczyli olimpijskie złoto. Już wkrótce wielu piłkarzy z tamtej drużyny – Uche Okechukwu, Emmanuel Amunike, Augustine Okocha, Victor Ikpeba, Daniel Amokachi, Sunday Oliseh, Nwankwo Kanu, Taribo West, Tijjani Babangida, czy Celestine Babayaro – trafiło do najlepszych drużyn europejskich.
Od 1994 roku Nigeria czterokrotnie brała udział w turnieju o mistrzostwo świata. Mimo iż w 1994 i 1998 roku zaliczani byli do faworytów imprezy, to zawsze odpadali w drugiej rundzie. W Stanach Zjednoczonych przegrali z Włochami, a we Francji wysoko ulegli Duńczykom.
Z kolei w 1995 roku ekipa nigeryjska wystąpiła w rozgrywkach o Puchar Króla Fahda. Zajęła w nich czwarte miejsce po porażce z Meksykiem po rzutach karnych 4:5 w meczu o trzecie miejsce. Kolejny raz (tym razem pod nazwą Puchar Konfederacji) Nigeria brała w nich udział w 2013 roku. Na turnieju rozgrywanym w Brazylii nie przebrnęła jednak przez fazę grupową.