2 września 1943 został aresztowany przez Gestapo w mieszkaniu przy ulicy Jasnej w Warszawie. Po wyprowadzeniu na ulicę kopnął jednego z gestapowców i usiłował uciec, lecz został zastrzelony. Został pochowany pod nazwiskiem Jana Lipińskiego przez Antoninę Burkacką i Walę. 9 maja 1945 został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera C6 ZWM-1-2).

Upamiętnienie i propaganda PRL Pośmiertnie został awansowany do stopnia kapitana Gwardii Ludowej i podpułkownika ludowego Wojska Polskiego.

W okresie PRL-u nie eksponowano nadmiernie jego działalności na rzecz ZSRR i aktywności w propagowaniu kultu Stalina, całkowicie przemilczając, że był radzieckim agitatorem w czasach krwawych represji i deportacji ludności polskiej z ziem wschodnich w latach 1939–1941. Z reguły przemilczano także jego udział w zabójstwie Bolesława Mołojca, gdyż uznawano to za temat niewygodny. Wokół jego postaci wykreowano legendę (np. Halina Rudnicka napisała w 1955 r. Wspomnienie o Janku Krasickim), stał się symbolem patriotyzmu i bezinteresownej walki młodego pokolenia o socjalizm.

Powstał o nim godzinny film barwny pt. Janek Krasicki, który był emitowany w programie Rodowody 12 października 1976 roku, wystąpił w nim jego brat Witold oraz osoby, które go znały.