thumb|Legitymacja NZS-u z 1981 Przez długi czas władze PRL zwlekały z rejestracją NZS-u. Dopiero w wyniku strajków studenckich, szczególnie w Łodzi, gdzie podpisano tzw. Porozumienie Łódzkie po najdłuższym w Europie studenckim strajku okupacyjnym, ówczesny rząd komunistyczny zgodził się na rejestrację Zrzeszenia, która nastąpiła 17 lutego 1981. Pierwszym szefem NZS-u został Jarosław Guzy.

Organizacja, obok działań typowo prostudenckich, związanych między innymi z postulatami reformy szkolnictwa wyższego, zajmowała się także wspieraniem działań „Solidarności” w wymiarze politycznym.

1982–1987 Po wprowadzeniu stanu wojennego NZS zostało zdelegalizowane, a wielu jego działaczy aresztowanych. W kilku ośrodkach akademickich NZS prowadziło jednak działalność podziemną. W drugiej połowie lat osiemdziesiątych XX wieku NZS nawiązało współpracę ze swoim młodzieżowym odpowiednikiem, Federacją Młodzieży Walczącej. Powstała w 1984 w Warszawie FMW zrzeszała przede wszystkim młodzież szkół średnich, młodych robotników i studentów.