Po powrocie do Paryża otrzymał poprzez wstawiennictwo brata jeszcze intratniejszą posadę z pensją 11 000 franków rocznie, później stanowisko ambasadora Republiki w Państwie Kościelnym, które piastował bardzo krótko, gdyż na wiosnę roku 1798 został wybrany deputowanym Korsyki do Rady Pięciuset. Tam, odchodząc od dawnych poglądów jakobińskich, występował jako umiarkowany liberał, doprowadzając m.in. do usunięcia ze stanowiska ministra wojny jakobina Bernadotte’a, zagrażającego pozycji Napoleona, przeprowadzającemu wówczas kampanię w Egipcie. W międzyczasie Napoleon wezwany do powrotu przez Lucjana i jego sojusznika Sieyèsa, przewodniczącego Rady Starszych, pozostawił armię w Egipcie i wylądował 8 października 1799 we Fréjus.
18 Brumaire’a Wybrany przez zwolenników Napoleona przewodniczącym Rady Pięciuset (większością 306 głosów przeciw 85) Lucjan, wraz z bratem Józefem, Sieyèsem, Talleyrandem, Muratem, Leclerkiem i paroma innymi wojskowymi zaczął przygotowywać zamach stanu w celu obalenia Dyrektoriatu. Zwołał posiedzenie Rady Pięciuset do Saint-Cloud i zażądał mianowania brata Napoleona komendantem garnizonu paryskiego w celu obrony Republiki.