9 listopada 1799 (18 brumaire’a), przy gorących protestach deputowanych jakobińskich, Murat wjechał na koniu na salę obrad i nakazał swym dragonom rozpędzić Radę Pięciuset, która już po paru godzinach ukonstytuowała się pod przewodnictwem Lucjana na nowo i „we właściwym składzie” i za zgodą Rady Starszych proklamowała dymisję Dyrektoriatu. Władzę przekazano trzyosobowemu Konsulatowi z Napoleonem jako Pierwszym Konsulem. Lucjan został w nowym rządzie ministrem spraw wewnętrznych.
Kariera dyplomatyczna Po odwołaniu Lucjana ze stanowiska ministra (co stało się dzięki intrygom Fouchégo), Napoleon wysłał brata do Hiszpanii jako ambasadora, gdzie – stosując swój talent dyplomatyczny – młody Bonaparte zjednał sobie sympatię panującej rodziny Burbonów. Cieszył się zarówno przyjaźnią pary królewskiej Karola IV i Marii Luizy, jak i wszechmocnego ministra Manuela Godoya. Pragnąc wciągnąć Hiszpanię w orbitę interesów francuskich, Napoleon zaproponował za pośrednictwem Lucjana wymianę terytoriów. Córka hiszpańskiej pary królewskiej, Maria Luiza Młodsza, i jej mąż Ludwik Burbon-Parma otrzymali tron odebranej Habsburgom Toskanii (która z paroma przyległymi ziemiami otrzymała miano Królestwa Etrurii), w zamian za co Hiszpania przekazała Francji Luizjanę i wyspę Elbę.