Podczas spotkania rezerw pomiędzy Feyenoordem a Ajaxem, był jednym z zaatakowanych zawodników przez chuliganów, którzy wtargnęli na boisko.
Niechęć van Persiego do van Marwijk pogłębiła jeszcze decyzja menadżera, który w 2002 roku w przeddzień finału Superpucharu Europy z Realem Madryt odesłał piłkarza do domu rzekomo niezadowolony z postawy van Persiego w ostatnim spotkaniu ligowym. Van Persie zakończył swój pierwszy pełny sezon w pierwszej drużynie z dorobkiem 28 spotkań i 8 goli, z zespołem doszedł również do finału Pucharu Holandii.
W kolejnym sezonie pogorszenie relacji van Persiego z van Marwijkiem doprowadziło do tego, iż rzadko grał w wyjściowym składzie. Ponownie rozegrał 28 spotkań, lecz strzelił o dwie bramki mniej niż wcześniej. Z powodu problemów dyscyplinarnych zawodnika Feyenoord próbował sprzedać van Persiego do innego klubu. Podczas zimowego okienka transferowego, zespół z Rotterdamu rozpoczął negocjacje z Arsenalem Londyn, który szukał następcy wiekowego już Dennisa Bergkampa. Obie strony nie mogły dojść do porozumienia w kwestii warunków finansowych, lecz ostatecznie transakcja doszła do skutku latem i van Persie trafił do Arsenalu za kwotę 2,75 miliona funtów.