Cały finał Ligi Mistrzów w 2006 roku spędził na ławce rezerwowych, a Arsenal przegrał 2–1 z Barceloną.
thumb|left|120px|Van Persie i napastnik Chelsea Didier Drogba w 2008 roku Na początku sezonu 2006/07 w spotkaniu z Charlton Athletic van Persie zdobył gola wolejem, który Wenger określił później „golem życia” natomiast BBC wybrało to trafienie do nagrody Gola Miesiąca września, Sam zawodnik otrzymał natomiast tytuł Rotterdam Sportsman of the Year za grę w roku kalendarzowym 2006. Jednakże Holender po raz drugi w karierze musiał przedwcześnie zakończyć sezon. 21 stycznia w spotkaniu z Manchesterem United podczas celebracji wyrównującego trafienia doznał złamania piątej kości śródstopia w prawej nodze. Mimo to z wynikiem 13 goli został najlepszym strzelcem zespołu.
Przed sezonem 2007/08 po odejściu Henry’ego do Barcelony, van Persie stał się podstawowym napastnikiem Arsenalu. Po zdobyciu siedmiu goli w pierwszych dziesięciu meczach sezonu musiał pauzować dwa miesiące z powodu kontuzji kolana. Powrócił 12 grudnia na spotkanie fazy grupowej Ligi Mistrzów ze Steauą Bukareszt, zaś 4 dni później w spotkaniu Premier League Arsenal pokonał Chelsea. Jednakże urazy opuściły go tylko stycznia, gdy rozegrał 45. minut w spotkaniu Pucharu Ligi z Tottenhamem.