Na drugą połowę spotkania już nie wszedł, gdyż zdjęto go z boiska z obawy przed kolejną kontuzją i resztę sezonu występował sporadycznie.
Van Persie swoje pierwsze dwa gole w sezonie 2008/09 zdobył 31 sierpnia w wygranym 3–0 ligowym spotkaniu z Newcastle United. 29 października w zremisowanych 4–4 derbach północnego Londynu z Tottenhamem zdobył swojego pięćdziesiątego gola w Arsenalu, lecz 1 listopada w przegranym 2–1 spotkaniu ze Stoke City po uderzeniu łokciem bramkarza Thomasa Sørensena czerwoną kartkę. Sorensen przyznał później, że van Persie został przez niego sprowokowany. Ostatniego dnia listopada zdobył dwa gole i przyczynił się do zwycięstwa 2–1 nad Chelsea. 21 grudnia 2008 w spotkaniu z Liverpoolem zdobył spektakularnego gola i po raz drugi w karierze jego trafienie otrzymało od BBC tytuł Gola Miesiąca. mały|van Persie i Scott Sinclair (2011) 3 stycznia 2009 roku z powodu kontuzji kapitana Cesca Fàbregasa i podstawowego bramkarza Manuela Almuni, w wygranym 3–1 spotkaniu trzeciej rundy Pucharu Anglii z Plymouth Argyle van Persie wystąpił z opaskę kapitańską Arsenalu na ramieniu. Van Persie w tym meczu zdobył pierwszego i trzeciego gola dla Arsenalu, natomiast drugie trafienie było golem samobójczym zawodników Plymouth, lecz padł on po rajdzie skrzydłem i dośrodkowaniu Holendra.