W 2009 roku Arsenal przez kilka miesięcy prowadził z nim negocjacje na temat nowej umowy, ponieważ do końca starej pozostał tylko rok. Wreszcie w lipcu ogłoszono podpisanie nowego, długoterminowego kontraktu, zaś sam zawodnik powiedział: „Moje serce jest z Arsenalem i nie wyobrażam sobie bym miał przywidzieć koszulkę innego klubu”. Ostatecznie van Persie za wkład w grę zespołu został wybrany graczem sezonu. mały|van Persie wykonuje rzut wolny w meczu z Fulham (2007) Sezon 2009/10 van Persie rozpoczął od dwóch asyst w wygranym 6:1 meczu z Evertonem. Pierwszego gola zdobył na City of Manchester Stadium w przegranym 4:2 spotkaniu z Manchesterm City. Podczas tego meczu został także brutalnie kopnięty przez byłego klubowego kolegę Emmanuela Adebayora.
W listopadzie 2009 Van Persie w wyniku starcia z Giorgio Chiellinim w trakcie towarzyskiego meczu Holandii z Włochami odniósł ciężką kontuzję, która wykluczyła go z gry aż do kwietnia. Do gry powrócił w przegranym 2-1 spotkaniu z Tottenhamem.