Każdy gol zdobyty przez Arsenal w styczniu 2009 padł po strzale lub asyście van Persiego i tak znakomita gra przyniosła mu nagrodę dla gracza miesiąca klubu. Swój najlepszy występ w tym sezonie zaliczył w spotkaniu z Hull City, podczas którego zdobył gola z rzutu wolnego i dołożył do tego trzy asysty, co ostatecznie przyniosło mu nagrodę dla zawodnika meczu.
24 lutego w wygranym 1:0 spotkaniu 1/6 finału Ligi Mistrzów z AS Romą van Persie wykorzystał decydujący rzut karny podyktowany po faulu Philippe Mexèsa na nim samym. Swojego piątego i ostatniego w tym sezonie gola w Lidze Mistrzów zdobył z rzutu karnego w wygranym 3–0 meczu z Villarreal CF. mały|lewo|216x216px|van Persie egzekwuje rzut karny w ligowym meczu ze Stoke (2009) W ostatniej kolejce Premier League w spotkaniu ze Stoke City van Persie pokonał bramkarza rywali co po raz drugi w karierze zagwarantowało mu tytuł najlepszego strzelca Arsenalu. Sezon zakończył z dorobkiem 11 goli i 11 asyst w lidze, oraz z najlepszym w karierze wynikiem 20 goli we wszystkich rozgrywkach.