Pod koniec roku w sprzedaży ukazała się składanka zatytułowana Prelude to the Millennium. Obok utworów znanych już z poprzednich płyt studyjnych zespołu, pojawiła się wersja utworu „Masquerade” z pierwszego albumu. Jednak w tym utworze zamiast Roda Tylera zaśpiewał Russell Allen
2000: V: The New Mythology Suite Jason Rullo powrócił do zespołu aby nagrać piąty album zatytułowany V: The New Mythology Suite. Był to pierwszy album grupy wydany przez znaną wytwórnię płyt progresywnych InsideOut Music. Zarazem był to pierwszy album koncepcyjny. Opowiada on o micie o Atlantydzie. Album zawiera znane kompozycje zespołu takie jak: „Communion and the Oracle”, „Egypt” oraz suita „Rediscovery” oraz wiele wstawek symfonicznych.
W 2001 roku zespół wydał swoją pierwszą płytę koncertową Live on the Edge of Forever. Znajduje się na niej zapis z koncertu w Paryżu który otwierał Europejską trasę koncertową zespołu.
2002: The Odyssey W 2002 roku zespół wydał płytę The Odyssey. Znalazł się na nim tytułowy 24-minutowy utwór którego tekst opowiada o wydarzeniach zawartych w Odysei Homera.