W 2004 klawiszowiec Symphony X Michael Pinnella wydał album solowy Enter by the Twelfth Gate. Wokalista Russell Allen wydał album solowy Atomic Soul w lecie 2005. Na tym albumie Allen zaprezentował zupełnie inną muzykę niż Symphony X. Była to typowa hardrockowa płyta. W tym samym roku Allen nagrał płytę The Battle wraz z byłym wokalistą zespołu Masterplan Jørnem Lande pod szyldem Allen/Lande. Duet wydał kolejną płytę The Revenge 11 maja 2007 roku. W 2005 roku Symphony X brało udział w serii koncertów pod nazwą Gigantour wraz z Megadeth, Dream Theater i Anthrax. Dwa utwory Symphony X zagrane na Gigantour znalazły się na oficjalnym DVD i CD wydanym w październiku 2006.
2007: Paradise Lost thumb|Russell Allen podczas koncertu w San Juan 27 maja 2007
Najnowsze dzieło zespołu nosi nazwę Paradise Lost i jest inspirowana poematem epickim Johna Miltona pod tym samym tytułem (Raj utracony). Światowa premiera albumu miała miejsce 26 czerwca 2007. Jest to album koncepcyjny. Płyta jest bardziej mroczna i cięższa niż poprzednie, lecz styl wokalu nie zmienił się zbytnio. Po raz pierwszy w historii zespołu do albumu dodano dodatkową płytę DVD na której przedstawiono historię zespołu. Wydanie z płytą jest dodatkowe. W związku z wydaniem płyty zespół wyruszył na trasę koncertową.