Fundatorami tej świątyni byli m.in. król Zygmunt III Waza, Andrzej Bobola (podkomorzy), bracia Gostomscy.

W 1656 świątynia została zniszczona i splądrowana przez najazd wojsk szwedzkich. W 1660 zakon założył przy kościele aptekę. Wejście było od Rynku Starego Miasta. Służyła ona również mieszkańcom Warszawy i była po aptece zamkowej najstarszą apteką warszawską. W 1668 Jezuici założyli szkołę z wykładami między innymi z teologii i filozofii na poziomie akademickim.

W 1720 rozpoczęła się budowa dwupiętrowego budynku na tyłach kościoła, której inicjatorem był Biskup płocki Ludwik Bartłomiej Załuski. Dzięki tej budowli powstała ulica Jezuicka. Do nowo powstałego budynku przeniesiona została szkoła, która nosiła nieoficjalną nazwę pochodzącą od nazwiska biskupa Załuskiego – Gymnasium Zaluscianum. Do budynku przeniesiono także aptekę i bogaty księgozbiór.