Jesienią tego samego roku otwarto przylegającą do kościoła szkołę, która liczyła siedem oddziałów. W pierwszych klasach funkcjonowała jako szkoła elementarna, w klasach starszych miała charakter kolegium przygotowującego kandydatów do szkół wyższych – duchownych. Uczono w niej języka polskiego, niemieckiego, religii, łaciny i rachunków. Szkołę zamknięto w 1826 roku w związku z represjami władz pruskich, które prowadziły otwartą walkę z polskością i katolicyzmem – kulturkampf – dążąc także do kasaty wejherowskiego klasztoru.
Pierwsza próba likwidacji klasztoru w 1829 roku spotkała się ze zdecydowanym oporem ludności kaszubskiej i w rezultacie nie doszła do skutku. Kolejną próba usunięcia z miasta franciszkanów była prawnie ogłoszona w 1834 roku kasata klasztoru. Zakonnicy pozostali jednak w mieście i pozostali faktycznymi opiekunami Kalwarii. Franciszkanie zostali wyrzuceni z klasztoru dopiero w 1867 roku, a w 1875 roku decyzją władz pruskich, zmuszeni zostali oni do opuszczenia Wejherowa.
Po usunięciu z Jerozolimy Kaszubskiej ojców Franciszkanów, Kalwarią i klasztorem opiekowali się pozostali wejherowscy duszpasterze.