Po kilkudziesięciu latach wygnania i niemal trzystu latach od sprowadzenia ojców franciszkanów do Wejherowa, w uroczystość św. Franciszka 4 października 1946 roku powrócili oni do miasta i na Kalwarię. Zastali w poważnym stopniu zdewastowane i ograbione z cennego wyposażenia kaplice. Przystąpili natychmiast do ich wyremontowania i uzupełnienia wyposażenia. Pod ich okiem nastąpił też rozkwit kalwaryjskiego ruchu pielgrzymkowego, którego tradycje sięgają początków miasta i który trwa nieprzerwanie do dziś. Wznowili oni także wielkopostne Drogi Krzyżowe na Kalwarii, a także rozbudowali kościół klasztorny, w którego podziemiach powstało unikatowe Muzeum Franciszkańskie z bezcennymi zbiorami.
Jednym z największych osiągnięć powojennych o. franciszkanów w Wejherowie jest szerzenie kultu maryjnego, centralizowanego wokół łaskami słynącego obrazu Matki Boskiej Wejherowskiej, znajdującego się od wieków w bocznym ołtarzu kościoła klasztornego. Zwieńczeniem tych starań była koronacja obrazu Matki Bożej, której 5 czerwca 1999 roku, dokonał papież Jan Paweł II podczas mszy świętej na sopockim hipodromie.