Tym samym powstało w Wejherowie sanktuarium Pasyjno – Maryjne, które jest celem licznych pielgrzymek.

W 2004 roku zainstalowano w świątyni kamerę monitoringu, a każdego 11 dnia miesiąca lokalna sieć kablowa przeprowadza transmisję telewizyjną mszy świętej, dzięki czemu także chorzy w domach mogą łączyć się na wspólnej modlitwie przed obrazem wejherowskiej Matki Bożej.

Przy kościele działają obecnie liczne grupy parafialne – Akcja Katolicka, Franciszkański Zakon Świeckich, Żywy Różaniec, Grupa Charytatywna, Franciszkańska Unia Misyjna, Franciszkański Ruch Apostolski, Grupa „Pójdź za Mną”, „Oaza św. Franciszka”, a także Liturgiczna Służba Ołtarza, Chórek Parafialny. Do niedawna istniała również Orkiestra Dęta.

Przy klasztorze funkcjonuje też „Kuchnia św. Franciszka”, która wydaje codziennie darmowe posiłki dla najuboższych.