W 1888 rozpoczął naukę w Morskim Korpusie Kadeckim. Ukończył go we wrześniu 1894 w stopniu miczmanaЗырянов, П. Н. Адмирал Колчак, верховный правитель России. — 4-е изд. — М.: Мол. гвардия, 2012.. W 1891 rozpoczął służbę w marynarce rosyjskiej. Pływał na okrętach „Ruryk”, „Kriejsier”, „Kniaź Pożarskij”, „Pietropawłowsk”. W 1898 awansował na stopień ppor. marynarki. Uczestnik ekspedycji polarnej w latach 1900-1903 na jachcie „Zaria” jako hydrolog. Podczas niej odkrył i zbadał wyspę na Morzu Karskim, nazwaną od jego imienia Wyspą Kołczaka. W czasie wojny rosyjsko-japońskiej służył od kwietnia 1904 na krążowniku „Askold”, od maja dowodził niszczycielem „Sierdityj”, a potem od listopada 1904 baterią artylerii w Port ArturzeS. Bałakin, op.cit.. Został uhonorowany m.in. szablą „Za Dzielność”. W czasie walk na lądzie został lekko ranny, poza tym szwankowało jego nadwątlone ekspedycją polarną zdrowie. W czasie upadku twierdzy był w szpitalu, po czym wkrótce w kwietniu 1905 został zwolniony z niewoli japońskiej i przez Amerykę powrócił do Rosji, do Petersburga.