Prof. dr hab. Paweł Wieczorkiewicz wysoko oceniał zdolności wojskowe wykazane przez Kołczaka podczas wojny z Japonią: Jako młody oficer dowodził torpedowcem i był jednym z tych, którzy uratowali honor rosyjskiej bandery. W tej wojnie Rosja poniosła druzgocącą klęskę. Obwiniano o nią najwyższe dowództwo marynarki, natomiast było kilkudziesięciu młodych oficerów, którzy bili się niezwykle dzielnie i brawurowo. Kołczak należał do nich i zwrócił uwagę swoich zwierzchników. Przed I wojną światową jego kariera rozwijała się błyskotliwie.

Wraz z grupą oficerów był inicjatorem powołania nowego Morskiego Sztabu Generalnego, powstałego w 1906, zajmującego się strategią i przygotowaniem floty do działań. Służył w tym sztabie w latach 1906-1908 jako naczelnik oddziału organizacyjno-taktycznego, wykładał też w akademii morskiej. Publikował w tym czasie prace naukowe i mapy z pierwszej wyprawy polarnej. W latach 1909–1910 uczestniczył w drugiej ekspedycji naukowej jako dowódca lodołamacza „Wajgacz”, kierującej się przez Ocean Indyjski na Morze Czukockie. Nie brał udziału w dalszej części ekspedycji – przejściu drogą północną, gdyż w 1911 ponownie został powołany do Morskiego Sztabu Generalnego. W 1912 na propozycję dowódcy Floty Bałtyckiej adm. Essena, odszedł z pracy sztabowej i został dowódcą niszczyciela „Ussurijec”.