1 stycznia 1996 roku rozformowano w Siemirowicach: 7 pułk lotnictwa specjalnego i sformowano: 3 Kaszubski dywizjon lotniczy 5 batalion zabezpieczenia.
Przyczyną sformowania Brygady Lotnictwa Marynarki Wojennej było scalenie struktury polskiego lotnictwa morskiego. W ten sposób zreorganizowano całe polskie lotnictwo morskie, nadając mu nowocześniejszą i bardziej elastyczną strukturę.
Na podstawie Decyzji Nr 96/MON z dnia 11 lipca 1995 roku Brygada Lotnictwa Marynarki Wojennej otrzymała nazwę wyróżniającą „Gdyńska” oraz imię kmdr. por. pil. Karola Trzaski-Durskiego. Doroczne święto zostało ustalone na dzień 15 lipca.
Zgodnie z decyzją Ministra Obrony Narodowej z 21 stycznia 2002 roku przeprowadzono kolejną reorganizację, w ramach której dywizjony lotnicze zostały przeformowane w eskadry lotnicze, natomiast bataliony zabezpieczenia i dywizjon techniczny utworzyły dwie bazy lotnicze.