Było to spowodowane zmniejszeniem liczby statków powietrznych na skutek wycofywania myśliwców MiG-21 i samolotów PZL TS-11 Iskra, An-2 i śmigłowców Mi-2RM.
W marcu 2005 roku, dowódca Brygady Lotnictwa Marynarki Wojennej odebrał z rąk Ministra Obrony Narodowej "Znak Honorowy Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej".
W grudniu 2007 roku Minister Obrony Narodowej swą decyzją wprowadził odznakę pamiątkową Gdyńskiej Brygady Lotnictwa Marynarki Wojennej.
Od 1 stycznia 2011 roku lotnictwo morskie przeszło kolejną restrukturyzację, związaną z rezygnacją z rozdzielenia jednostek lotniczych od logistycznych. Dotychczasowe bazy lotnicze przeformowane zostały w dwie bazy lotnictwa morskiego (43. w Gdyni-Babich Dołach i 44. w Siemirowicach). W ich skład weszły rozformowane z końcem 2010 roku trzy eskadry lotnicze. Z dniem 31 grudnia 2013 roku, po likwidacji Dowództwa Marynarki Wojennej, Brygada została podporządkowana Dowództwu Generalnemu Rodzajów Sił Zbrojnych.
Decyzją Nr 233/MON z dnia 23 czerwca 2015 wprowadzono oznakę rozpoznawczą Dowództwa Brygady Lotnictwa Marynarki Wojennej na mundur polowy oraz wyjściowy.