Problemy parafii próbował rozwiązywać poprzez rozmowy i osobiste kontakty, jednocześnie odmawiając angażowania się w inicjatywy służące podporządkowaniu Kościoła państwu.
Cud w Číhošti
11 grudnia 1949 roku, w trzecią niedzielę Adwentu, podczas kazania Toufara grupa wiernych miała zaobserwować kilkukrotne poruszenie drewnianego krzyża znajdującego się na tabernakulum głównego ołtarza. Krzyż miał wychylać się na boki, a następnie pozostać przechylony i zwrócony w stronę ambony. Sam Toufar nie widział zjawiska, ponieważ stał przodem do wiernych i tyłem do ołtarza.
Początkowo podchodził do relacji parafian ostrożnie, dopuszczając możliwość złudzenia wzrokowego. Po zgłoszeniu się kolejnych osób zebrał pisemne oświadczenia świadków i powiadomił przełożonych kościelnych. Przestrzegał wiernych przed samodzielnym uznawaniem wydarzenia za cud lub zapowiedź nieszczęścia. W styczniu 1950 roku wiadomość o zjawisku rozeszła się po kraju, a do Číhošti zaczęły przybywać setki pielgrzymów i osób zainteresowanych wydarzeniem.