W obronie kapłana sporządzono petycję, którą podpisało około trzech tysięcy mieszkańców parafii i okolicy, w tym osoby innych wyznań oraz niewierzące.
Pod naciskiem władz Toufar złożył rezygnację z kierowania parafią. Z dniem 1 kwietnia 1948 roku został mianowany administratorem parafii w Číhošti, dokąd przeprowadził się 16 kwietnia. Podczas ostatniej mszy w Zahrádce 11 kwietnia świątynia była wypełniona wiernymi, którzy zaśpiewali mu pieśń pożegnalną. Byli parafianie nadal odwiedzali go w nowym miejscu posługi.
Posługa w Číhošti Parafia w Číhošti obejmowała osiem wsi i siedem szkół, a liczba jej katolickich mieszkańców wynosiła około 1200. Toufar pomagał również w sąsiedniej parafii Zbýšov. Rozpoczął remonty kościoła i plebanii oraz ożywienie życia religijnego. Uczestniczył też w sprawach lokalnej społeczności: pomagał osobom starszym w uzyskaniu świadczeń, zabiegał o utworzenie placówki pocztowej i sprowadzenie do miejscowości dentysty.
Pomimo narastającego konfliktu między władzami komunistycznymi a Kościołem starał się unikać publicznej konfrontacji z miejscowymi urzędnikami.