analiz spektroskopowych nie przeprowadzili kalibracji długości fali i z tego powodu widmo wykazuje wiele nietypowych nieprawidłowości (nieprzeciętnie ostry kolor kontrastu i zniekształcony rozkład spektralny) na podstawie dostępnych danych nie można rozróżnić żadnych linii absorpcyjnych.
John Fischer i Joe Nickell postawili hipotezę, że w szkatułce jest oliwa z oliwek, stopiony wosk pszczeli i czerwony barwnik.
Antonio Ruggieri uważa, iż krytycy nadnaturalności zawartości szkatułki pomijają czas, przez jaki krew św. Januarego utrzymuje swoje właściwości – płyny tiksotropowe, które według nich mogłyby imitować krew, zachowują swoje cechy maksymalnie 2 lata, podczas gdy krew św. Januarego ma posiadać niezwykłe właściwości już od 1700 lat. Uczeni, którzy brali udział w pracach badawczych, jak np. prof. Gastone Lambertini, nie znajdują żadnego racjonalnego wytłumaczenia tego zjawiska: Prawo zachowania energii, zasady, które rządzą żelowaniem i rozpuszczaniem koloidów, teorie starzenia się koloidów organicznych, eksperymenty biologiczne dotyczące krzepnięcia plazmy: wszystko to potwierdza, jak substancja, czczona od wielu wieków, rzuca wyzwanie każdemu prawu przyrody i każdemu tłumaczeniu, które nie odwołuje się do tego, co nadprzyrodzone. Krew św.