Krótko przed wybuchem II wojny światowej kupił willę w Konstancinie, w której zamieszkał z żoną Heleną i synem Tadeuszem.
W czasie okupacji Witwicki prowadził tajne nauczanie, nie zaprzestał pracy artystycznej, naukowej i przekładowej, ale nie prowadził działalności psychologicznej. Jego prace i przekłady z tego okresu zostały wydane dopiero po 1956 roku. W latach 1945–1948 prowadził zajęcia z psychologii (seminarium) ze studentami Uniwersytetu Warszawskiego – z powodu problemów zdrowotnych – w swoim domu w Konstancinie. W tym czasie napisał dziesięć broszur z cyklu Wiadomości z psychologii (SW „Czytelnik” 1946–1948). Z dniem 1 września 1948 przeniesiony na emeryturę, zmarł 21 grudnia tegoż roku w Konstancinie. Został pochowany na cmentarzu w Skolimowie (kwatera II-B, rząd 12, grób 2)Księga Ewidencji Grobów Rzymskokatolickiego Cmentarza Grzebalnego w Skolimowie.