O rozmowach i spotkaniach z Janem Pawłem II, a także swoim pośrednictwie między siostrą Łucją a Janem Pawłem II opowiedział w jednym z ostatnich wywiadów w książce Blask świętości – wydawnictwo „Adam”, Warszawa 2008.
Koniec życia Od wielu lat ks. Mirosław Drozdek cierpiał na chorobę nowotworową. W styczniu 2007 przeszedł ciężką operację. Zmarł 25 maja 2007 roku, w wieku niespełna 65 lat. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 28 maja 2007. Przewodniczył im metropolita krakowski – Kardynał Stanisław Dziwisz. Na pogrzebie obecnych było 200 kapłanów i tysiące wiernych. Ks. Mirosław Drozdek spoczął w krypcie na terenie sanktuarium na Krzeptówkach.
Kontrowersje W lutym 2006 „Tygodnik Podhalański” opublikował artykuł sugerujący, że ks. Drozdek mógł być w latach 80. tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie „Ewa”, ten jednak kategorycznie zaprzeczył i na początku marca wniósł do sądu pozew o ochronę dóbr osobistych przeciwko autorowi publikacji. Domagał się przeprosin w ogólnopolskich mediach oraz darowizny na rzecz Caritas. Proces zakończył się w czerwcu tegoż roku ugodą mówiącą m.in., że zamiarem dziennikarza „Tygodnika” nie było twierdzenie, jakoby ks. Drozdek miał być agentem SB, a jedynie zadanie publicznie pewnego pytania, bez odpowiedzi własnej.