W sierpniu 1974 został mianowany biskupem pomocniczym Manili, ze stolicą tytularną Oescus; sakrę biskupią otrzymał 28 października 1974 w rodzinnym mieście z rąk arcybiskupa Bruno Torpiglianiego, nuncjusza na Filipinach, któremu towarzyszyli przyszli kardynałowie, arcybiskupi Jaime Sin i Ricardo Vidal. Zajmował się m.in. działalnością misyjną i charytatywną Kościoła katolickiego na Filipinach, w latach 1980–1982 pełnił funkcję rektora seminarium św. Karola w Manili. W czerwcu 1982 został biskupem-koadiutorem Malaybalay, po rezygnacji Francisco Clavera we wrześniu 1984 został ordynariuszem Malaybalay. W latach 1984–1999 pełnił funkcję wizytatora apostolskiego seminariów filipińskich.
W grudniu 1992 został arcybiskupem Lipa, zastępując Mariano Gaviolę. W latach 1997–1999 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Konferencji Episkopatu Filipin, uczestniczył w X Sesji Zwykłej Światowego Synodu Biskupów w Watykanie we wrześniu i październiku 2001. 15 września 2003 przeszedł na stolicę arcybiskupią Manili (w miejsce kardynała Sina), jednocześnie do maja 2004 pozostał administratorem apostolskim Lipa (do chwili powołania następcy, Ramona Cabrery Argüellesa).