18 września 1939 dowodzona przez niego bateria osłaniała odwrót jednostek polskich za linię rzeki Bzury, otoczona przez Niemców po wyczerpaniu amunicji skapitulowała. Ranny porucznik Jan Tabortowski znalazł się w niewoli i umieszczony w szpitalu w Warszawie.
Działalność konspiracyjna Ze szpitala uciekł w styczniu 1940 roku. Przekroczył linię demarkacyjną w okolicach Wysokiego Mazowieckiego i przy pomocy swojego kolegi por. Czesława Gołębiowskiego ps. „Bosy” znalazł się w konspiracji. Przyjął pseudonim „Kusy” i od wiosny 1940 roku został komendantem Obwodu Bielsk Podlaski, a w maju 1942 roku objął stanowisko inspektora Inspektoratu III łomżyńskiego obejmującego obwody AK – Łomża i Grajewo. Został awansowany do stopnia kapitana i odznaczony Krzyżem Walecznych.
Obejmując nowe obowiązki zaczął posługiwać się pseudonimem „Bruzda”. 22 listopada 1942 roku kapitan „Bruzda” został aresztowany wraz porucznikiem Stanisławem Cieślewskim „Lipcem” i por. Janem Sokołowskim „Majem” i osadzony w więzieniu w Łomży. Mimo iż Niemcy nie orientowali się kogo aresztowali, umieścili ich na liście osób do rozstrzelania. Dzięki akcji podziemia dowodzonej przez Czesława Lustycha „Profesora” i Zdzisława Wilhelmiego „Powoja” udało się doprowadzić do ich ucieczki w nocy z 12 na 13 stycznia 1943 roku.