W wieku XV (prawdopodobnie przez osuwanie się gruntu) obiekt został przebudowany.
W 1535 r. kościół został kościołem luterańskim, a pierwszym protestanckim pastorem został w 1535 ks.Jan Bugenhagen – rodowity Wolinianin i uczeń Marcina Lutra. Po 1560 roku opiekę nad kościołem przejęli książęta ze Szczecina. W czasie wojny trzydziestoletniej, w roku 1628 podczas pożaru miasta kościół strawił ogień. W trakcie odbudowy, na którą znaczne fundusze przekazali naczelny dowódca wojsk cesarskich Johann Tilly i jego oficerowie (według księgi kolekt), wieża kościelna, obecnie otynkowana, otrzymała barokowe zwieńczenie z ażurowym hełmem, mniej smukłym niż w przypadku wieży kościoła św. Jerzego. Na jej wewnętrznej stronie widniał niekompletny dystych, którego chronogram wskazuje na rok 1682. Odbudowa trwała niemal 100 lat i zakończyła się pod koniec XVII wieku.
Podczas odbudowy zrezygnowano z odbudowy sklepień naw, obniżono nawę główną oraz dodano empory nad nawami bocznymi, nadając wnętrzu barokowy charakter. Wieżę odnowiono w 1682 roku, odbudowując większość jej struktury, a w 1704 roku zakończono remont północnej elewacji.